دخالت شهرداری‌ها در صدور مجوز کسب و کار و صدور پروانه ساختمانی و مجتمع‌های تجاری در منطقه آزاد قشم، مشکلاتی را نیز برای فعالان اقتصادی به دنبال داشته است به‌طوری که دارندگان مجوز شهرداری‌ها نمی‌توانند از امتیاز 20 ساله معافیتی استفاده کنند.